第2话：虽然Atsushi加入了“武装侦探社”，但他以“我根本无法控制那种力量”为由拒绝了。 太宰说他也可以给敦介绍一份工作，并带他去了一个地方。 但在途中，国木田被告知有紧急情况。 当笃等人赶到侦探社，看到的却是成为人质的柔弱职员少女，以及大喊“让社长出来！”的炸弹恶魔的模样。 对侦探社怨恨？ 唯一一个从来没有在犯人面前露过脸的敦武装侦探社的第1集：中岛敦被赶出孤儿院，假装成路过的送报员，拼命劝说。

第3集：敦通过入学考试，正式成为武装侦探社一员。 作为侦探训练的一部分，他挑战自己进行了一场猜测前任工作的游戏，但没有人知道太宰的工作。 这时，一个新的委托出现了——。 出现的一身西装的年轻女子表示，她想拿到他们是走私犯的证据，以便赶走聚集在公司大楼后面的奇怪人。 敦、谷崎和直美去做了第一份简单的监视工作，但是……

第4集：敦被太宰所救，终于从芥川手中逃脱。 因为他在黑市上被悬赏70亿，得知自己的同伴也卷入了这件事，他开始自责。 国木田也担心“最坏的情况”，始终表现出坚定不移的态度。 我们不能再给被照顾的人带来麻烦了——。 敦决定离开侦探社，并称港口黑手党的樋口为自己的假客户。

第5话 武装侦探社虽然遭到了港口黑手党的激进势力“黑蜥蜴”的袭击，但还是轻松击退了他们。 根据国木田担心的“最坏情况”，成员们被迫清理凌乱的办公室。 就在此时，敦奉命前往兰波的工作现场。 不过，我对这个连火车都不会坐的朴实无华的“侦探”有些怀疑。 在案发现场待命的三浦刑警和他的部下，在被害女子的尸体前表示“一分钟之内就能解决”，但是……

第6集：发生了一名访问横滨的游客下落不明的事件。 武装侦探社接到匿名举报，得知了受害人的住所。 国木田依靠非法黑客田口六外寻找情报来源，但他找到的只是受害者的照片和名为“蓝色使徒”的神秘文字。 给出租车司机打电话，据说他无意中目睹了11名受害者中的两名，同时也是信息中心的出租车司机，Atsushi一行人前往目的地。 就在太宰和国木田还在无果而终的谈话中，他们不知不觉来到了一家陌生的医院——。

第7集：收到“蓝色使徒”发来的大规模都市爆炸通知。 如果爆炸被解除，武装侦探社将导致更多不明原因的死亡，同时，也会进一步让武装侦探社陷入丑闻。 侦探社的生死与荣耀在这场战斗中岌岌可危，太宰正在追寻佐佐木信子，她是德川废弃医院中唯一被救出的人。 在大学教授社会心理学的信子表示，这起事件可能与“蓝色之王”有关。 那就是曾经被国木田逼到墙角最后引爆了自己的恐怖分子。

第8集：太宰行踪不明，但武装侦探社的成员认为这是“平常的事情”，并不在意。 其中，敦陪着与谢野晶子一起去逛街。 然而，目前尚不清楚黑手党将在何时何地发动袭击。 “从现在开始，我们要做一些物理小实验”——。 火车里响起了神秘的广播，乘客们陷入了恐慌。 听这卑鄙的声音，正是疯狂的轰炸机梶井元次郎。 敦跑去发现车里安放着炸弹。 在那里，一个女孩出现了……

第9集：为了利用超能力，少女泉镜花被训练成刺客。 天真无邪的镜花想吃一次她最喜欢的高级汤豆腐，作为揭开黑幕的条件。 听着她的身世，敦更加同情了。 然而，国木田问他是否有意识将一切都扛在她的肩上。 无论如何，这件事不能交给宪兵队，于是Atsushi和Kyoka在横滨的街头进行了“约会”。 当时东莞市私家侦探公司 ，下落不明的太宰被关押在港口黑手党监狱里。 芥川骂他“前任老板”是叛徒。

第10集：太宰与出现在监狱中的“原来的搭档”中原中也战斗。 通过中也的怀疑，他得知太宰这么轻易就被抓了，就是为了找到向笃发出巨额赏金的客户。 然而，邓已经落入港口黑手党手中。 笃感受到芥川对自己的强烈仇恨，乘坐走私船被运送到了交易地点。 为了这样拯救敦，镜花牺牲了自己来对抗芥川。 国木田急忙赶到，劝说他抛弃镜花逃跑，但是……

第11集：芥川身受重伤，昏迷不醒。 由于绑架敦志失败，在战斗中被消灭的组织残部现在正在寻求复仇，但樋口是唯一保护“前辈”芥川的人。 “我不适合这个职业……”樋口边哭边想。 尽管如此，她仍然相信自己的路。 另一方面，在武装侦探社，敦和宫泽贤治前往事件现场负责。 两人继续询问和调查。 Atsushi很欣赏Kenji，他生性开朗，很容易与街上的人交流……

第12集：悬赏Atsushi的黑幕被揭露，投资人是北美超自然组织“The Combination”的头目。 只以先发制人身份拜访武装侦探社弗朗西斯提出了名为道歉的谈判，并购买了“特殊能力营业执照”，但有远大理想的福泽拒绝了。 然而，他们却让这座七层楼在一夜之间消失得无影无踪，以此作为无声的警告。 紧接着东莞侦探社，贤二的行踪消失了，直美也消失在街头……为了营救被扣为人质的朋友，敦向内部空间挑战了露西的超自然力量。